П.А. Чекмарев более 30 лет работает на руководящих должностях. Под руководством Петра Александровича разработаны программы по сохранению и восстановлению плодородия почв сельхозземель, учет объемов применения минеральных удобрений и химической мелиорации почв, а также программа по комплексной диагностики минерального питания. Внес значительный вклад в разработку теоретических и прикладных исследований в области мониторинга земель сельхозназчения на основе глубокого анализа состояния плодородия почв, агрохимического и эколого-токсикологического обследования почв.
За годы своей деятельности П.А. Чекмарев опубликовал свыше 200 научных работ, в том числе 5 монографий.
Является членом редколлегий ведущих отраслевых изданий.
Член Комиссии Правительства РФ по вопросам АПК, председатель Комитета ТПП РФ по развитию Агропромышленного комплекса, председатель совета Национального союза селекционеров и семеноводов (НССиС).
Член Бюро Межведомственного координационного совета РАН по исследованиям в области агропромышленного комплекса, член межведомственной рабочей группы по приоритетному национальному проекту «Развитие агропромышленного комплекса», заместитель председателя Межведомственной комиссии по рассмотрению вопросов, связанных с проведением сезонных полевых сельскохозяйственных работ и оказанию оперативной помощи органам управления АПК субъектов РФ, руководитель рабочей группы по развитию садоводства и питомниководства в РФ.